基础医学创新实验班实行责任教授负责制，通过组建跨学科、跨院系的基础医学与交叉学科融合教学团队，强化“厚基础、宽口径、重实践、强素质”的培养理念，以“医学科学家”培养为导向，推动前沿技术与科研素养深度融合，致力于造就具有复合型知识结构和前沿科研创新能力的高素质基础医学拔尖人才。

实验班实施“三制”特色化培养（学分制、导师制、书院制）、“三化”精英式管理（小班化、个性化、国际化）以及“三融合”协同育人（医理融合、医工融合、教学与科研融合）的教育模式，注重全程化、贯通式培养，鼓励优秀学生进入“4+1+5”本博贯通计划，持续提升科研创新能力与学术发展层次。

实验班每年面向全校理工医类新生择优选拔30人，实施动态准入准出机制，学制5年，强化培养过程管理与质量监控，全面提升学生的综合素质、科研能力与发展潜力，为服务健康中国战略提供坚实人才支撑。