为了加强对该实验班学生的人才培养、思想政治教育和日常管理，2020年11月,学校成立了以江西公立医学专门学校（原江西医学院前身）创办人何焕奎先生命名的“焕奎书院”。

焕奎书院的院训是“德高医精 守正创新”，倡导学生自主学习、自我教育、自我管理、自觉成才，既具有政治认同、国家意识、社会责任、文化自信和高尚人格，又具备扎实的基础知识、专业技能和创新思维、探究精神。

焕奎书院医学创新实验班以“厚基础、宽口径、重实践、强素质”为指导，通过加强医文、医理、医工交叉融合，强化协同合作，融通教学与科研，融通专业教育和通识教育，打通本研阶段的学习，培养面向未来的具有科学精神、科学方法、科学知识、科学能力与人文素养、承担 “健康中国”建设大任、具有处置突发公共卫生事件能力的医学拔尖复合型人才。

焕奎书院医学创新实验班实行“三制（学分制、导师制、书院制）”、“三化（小班化、个性化、国际化）”特色培养模式；采用“临床医学核心课程+跨学科课程、研究性学习(科研训练)+实践训练”等多样化和开放探索的专业培养体系。充分运用小班分组研讨、经典研读、翻转课堂等新型教学形式，培养学生自主学习、终身学习的能力。搭建“课堂学习+重点实验室及研讨小组”的研究实践平台，实现本科学习期间研究训练全覆盖，进一步强化学生的研究能力和创新思维。

焕奎书院医学创新实验班学生实行“4+N”本研贯通培养，60%的本科毕业生可推荐免试攻读硕士研究生。如学生选择推免南昌大学相关专业深造，可实行本-硕-博贯通培养。学生本科毕业时授予临床医学学士学位；硕士毕业时可授予相应专业的医学硕士学位；博士毕业时授予相应专业的医学博士学位。

2020年开始，焕奎书院每年面向全校选拔50名优秀新生，进入医学创新实验班。